Niveau d'étude visé
BAC +3
ECTS
180 crédits
Durée
3 ans
Structure de formation
Faculté des Sciences, Faculté de pharmacie
Langue(s) d'enseignement
Français
Présentation
La licence Sciences de la Vie est une formation généraliste, qui s’intéresse à toutes les disciplines de l’étude du vivant : biologie animale et végétale, biologie cellulaire et moléculaire, biologie du développement, génétique, physiologie végétale et animale, infectiologie, immunologie, écologie, biologie évolutive, etc...
La théorie est complétée par des travaux en laboratoire (biochimie, bactériologie, physiologie animale et végétale, cultures in vitro, dissections, etc.) et/ou sur le terrain (échantillonnages, etc.).
Le cursus comprend également un volet méthodologie : méthode et raisonnement scientifiques, analyse de données, rédaction scientifique de comptes rendus, dessins d'observation, acquisition des techniques et outils (microscope, par exemple).
Des disciplines complémentaires et nécessaires à la formation de tout scientifique sont également enseignées: mathématiques, physique, chimie et informatique en tant qu'outils pour le biologiste, sciences de la Terre, et l'anglais général et scientifique..
La formation commence en L1 au sein d'un portail unique Sciences de la Vie – Santé, Environnement (SVSE), avec des options qui permettent de personnaliser son parcours. Des parcours de spécialisation sont ensuite proposés à partir de la L2 ou en L3.
La formation de licence, d’une durée de 3 ans, comprend des cours magistraux, des travaux dirigés (TD, des travaux pratiques (TP) et, suivant les parcours, un stage organisé sous forme d’unité d’enseignement (UE). Chaque UE est évaluée sous forme d’un contrôle continu et/ou d’un examen terminal en fin de semestre. L’obtention de la licence donne droit à 180 crédits.
Les diplômé-e-s pourront exercer leurs fonctions dans divers domaines : agroalimentaire, pharmaceutique, biotechnologies, environnement, recherche, enseignement, etc.
Objectifs
De formation généraliste et pluridisciplinaire, la licence Sciences de la Vie- a pour but de donner une formation complète dans le domaine des sciences du vivant. Le cursus associe à la fois des enseignements fondamentaux et théoriques, et un apprentissage des outils méthodologiques.
La licence SV permet d'acquérir une vision intégrée de la biologie. Elle s'intéresse à l'environnement, à la biodiversité, à la recherche biomédicale, à l'amélioration et la santé des plantes, à la compréhension des mécanismes fondamentaux du vivant.
La spécialisation en parcours permet aux étudiant-e-s de s'orienter vers les différents domaines de la biologie.
Savoir faire et compétences
- Compétences disciplinaires :
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.
- Comprendre, identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Interpréter et analyser des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.
- Identifier les sources d’erreur pour calculer l’incertitude sur un résultat expérimental.
- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
- Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.
- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.
- Identifier les réglementations spécifiques et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.
- Compétences pré-professionnelles :
- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.
- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.
- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder.
- Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel en fonction d’un contexte.
- Se mettre en recul d’une situation, s’auto évaluer et se remettre en question pour apprendre.
- Compétences transversales et linguistiques :
- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.
- Identifier et sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.
- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.
- Se servir aisément de la compréhension et de l’expression écrites et orales dans au moins une langue vivante étrangère (l’anglais scientifique est fortement recommandé).
Formation internationale
Formation ayant des partenariats formalisés à l’internationalDimension internationale
Il est possible de faire une partie de ses études à l’étranger dans le cadre du programme ERASMUS et par divers autres programmes (par exemple ERASMUS-MUNDUS, BCI (Québec), etc.). Il faut pour cela s'y prendre à l'avance et bien préparer son dossier.
Organisation
Contrôle des connaissances
Contrôle continu intégral ou terminal, en fonction des UE.
Taux de réussite :
40-50% en L1, 60 à 80% en L2, selon les parcours, 80 à 90% en L3, selon les parcours.
Aménagements particuliers
Des aménagements sont possible pour les étudiant-e-s sportifs-ves de haut niveau, pour les étudiant-e-s en situation de handicap ou pour les étudiant-e-s qui travaillent en dehors de leurs études; Voir le site de la FDS pour plus de détails.
Programme
La 1re année, L1 portail Science de la Vie Santé Environnement (SVSE), est une année de tronc commun durant laquelle sont enseignées les matières fondamentales pour l’apprentissage de la biologie (notion de base en biologie, chimie, mathématiques, physique), mais aussi la méthode et le raisonnement scientifique. Il est possible de choisir des options (1 au premier semestre, 2 au deuxième) pour personnaliser son parcours. Il est aussi possible d'intégrer des formations de préparation aux études de santé (médecine, pharmacie, kinésithérapie, odontologie, etc…, L1 LAS), ou de préparation aux concours des écoles supérieures d'agronomie ou des écoles vétérinaires (parcours PCAV).
Lors de la 2ème année (L2), il est possible de conserver un aspect généraliste en biologie, avec des options pour commencer une spécialisation, ou de d'intégrer un parcours spécialisé dans l'écologie scientifique et la biologie de l'évolution (parcours BE).
Lors de la 3ème année, il est possible de se spécialiser en intégrant un des 8 parcours proposés par le département Biologie-Mécanismes du Vivant (Bio-MV): physiologie animale et neurosciences (parcours PAN), biochimie (parcours Bioch), biologie moléculaire et biologie cellulaire (parcours BMC), microbiologie (parcours Mic), biologie des plantes et agroenvironnement (BiPAgro), Biotechnologies, biotraçabilité et bioressources (parcours BBB), ou métiers de l'enseignement (parcours BioME), mais aussi parcours SVT-CME au sein de la licence ST).
La liste des Unités d’Enseignement pour chaque année et portail est à consulter sur le site de la Faculté des Sciences.
NB: il y a des contraintes de places dans les parcours et pour certaines UE optionnelles, liées à nos capacités d'accueil (personnel et locaux).
Il est également possible de faire des UEs supplémentaires (avec au maximum 36 ECTS par semestre) ou dans certains cas de faire valider un engagement associatif comme UE supplémentaire.
Sélectionnez un programme
Licence 2
Licence 3
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biomolécules végétales: Diversité et Applications
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Investigations biologiques
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de Biochimie
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biomolécules végétales: Diversité et Applications
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Interactions symbiotiques et pathogènes chez les plantes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physiologie animale comparée
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Objectifs de l’UE : Etude comparative des grandes fonctions physiologiques chez les animaux en relation avec leur environnement. Etude des structures et des fonctions à divers niveaux d’intégration, de l’organisme à la molécule.
Modèles abordés: mammifères en comparaison avec d’autres modèles de vertébrés (téléostéens….) et d’invertébrés (insectes, crustacés, mollusques,…).
Description : Cette UE abordera certaines grandes fonctions physiologiques (respiration, nutrition, excrétion et régulation hydro-minérale) ainsi que des bases en immunologie et les systèmes de régulation (système nerveux et communication chimique). En plus de cours magistraux, les étudiants travailleront en groupes sur divers thèmes proposés par les enseignants. Ils présenteront les sujets sous forme d’exposés et synthétiserons les points clés à retenir sous forme d’un résumé écrit. Des TP et un TD seront également proposés pour illustrer les cours.
Description de la variabilité 2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est l’application concrète complémentaire de l’UE Description de la variabilité 1 (HAV312B).
La construction et l’analyse de jeux de données est réalisée à l’aide de TP dans le logiciel R faisant un parallèle avec les TD, ainsi que l’obtention de graphique et paramètres numériques permettant de caractériser les échantillons et leur variabilité.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Ecologie, diversité, et évolution des Champignons
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement a pour objet l’exploration du règne fongique, dans ses dimensions biologique, écologique et évolutive. A l’aide d’un ensemble de cours magistraux, auxquels sont adossés des séances de travaux en groupe (Td et TP), les étudiants se familiariseront avec ces organismes, leurs spécificités biologiques (notamment au regard de leur reproduction) et leurs rôles dans le fonctionnement de écosystèmes terrestres. Par ailleurs, la place des champignons dans les sociétés humaines (alimentation et médecine notamment) sera explorée dans le cadre de cette UE qui vise aussi à analyser les liens entre biodiversité et sociétés humaines.
Diversités et évolution des métazoaires actuels et passés N1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Volume horaire
0h
L’UE s’intéresse à décrire les caractéristiques morpho-anatomiques des plans d’organisation majeurs des métazoaires rencontrés dans les faunes actuelles et passées, ainsi qu’à expliquer leur origine et leur dynamique d’apparition. Elle développe ainsi une vision des organismes basée sur la paléontologie et la zoologie. Elle abordera principalement l’origine des métazoaires et les principales divisions que sont les diploblastiques et les triploblastiques ainsi que des notions de base relatives au positionnement et aux relations phylogénétiques entre taxons (mono- et paraphylie, convergence évolutive…). Elle est classiquement divisée en cours magistraux, travaux dirigés qui viseront principalement à illustrer et étayer des aspects liés à la biodiversité des taxons et en travaux pratiques dans des séances visant à l’acquisition de compétences, notamment et obligatoirement en dissection.
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie fondamentale: concepts et méthodes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une introduction aux concepts généraux de l’écologie scientifique : niveaux d’organisation, mesures et conservation de la biodiversité, biogéographie, facteurs biotiques et abiotiques de répartition et de dynamique de la biodiversité. Elle permet aussi d’appréhender les méthodes utilisées en écologie scientifique : intérêt de l’expérimentation, réflexion sur la construction d’un protocole, analyse de données, compte-rendus oral et écrit d’une expérience
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde les notions théoriques de biologie végétale, en utilisant comme modèle le groupe des Spermatophytes. Elle vise à définir les notions et le vocabulaire spécifique de la morphologie, de l’anatomie, de la reproduction et des cycles biologiques.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Géologie sédimentaire, tectonique et cartographie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Volume horaire
36h
Période de l'année
Automne
Cette UE rassemble trois disciplines complémentaires et fondamentales des sciences de la Terre : la sédimentologie, la tectonique et la cartographie. Les différents types de roches sédimentaires y seront enseignés en détail afin d’interpréter leur contexte de formation et les processus associés. Les objets de tectonique ductile et cassante seront aussi abordés aux différentes échelles afin d’établir leur contexte de formation notamment en terme de régime de contraintes. Des travaux pratiques sur échantillons seront réalisés en parallèle afin de permettre aux étudiants de développer leur sens de l’observation et du dessin et de mettre à profit les riches collections disponibles au département. Une initiation à la lecture et au travail sur carte géologique sera enfin réalisée (schéma, coupe), mettant en application les notions de sédimentologie et de tectonique précédemment acquises. Cette UE devra permettre aux étudiants de définir les grandes lignes de l’histoire géologique d’une région donnée.
Volumes horaires:
- CM : 12
- TD : 3
- TP : 21
Ecologie expérimentale et démarche scientifique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est un enseignement pratique de construction d’une expérimentation en écologie scientifique : construction d’un protocole, mise en place et suivi de l’expérience, analyse de données, compte-rendus oral et écrit.
Du génotype au phénotype
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours, les étudiants pourront connaître les liens entre le patrimoine génétique d'un individu et la mise en place de sa morphologie, sa physiologie, et son mode de vie. On s'attachera à comprendre les liens entre l'information portée par le génome et le cycle de vie de l'organisme considéré, en passant par les caractéristiques cellulaires correspondant à l'expression de l'information génétique. Ces données seront replacées dans un cadre évolutif et permettront d'éclairer quelques transitions évolutives majeures, en particulier chez les métazoaires.
Diversité des végétaux
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde les différents groupes de végétaux (« algues », « cryptogames », Spermatophytes), en précisant pour chacun d’eux leur position et leur nature phylogénétique (groupe mono- ou paraphylétique), leur origine et leurs spécificités sur les plans morpho-anatomique, reproducteur et écologique.
4 CM présentent les différents groupes de végétaux : CM1, diversité des « algues » ; CM2, cycles biologiques des « algues » ; CM3, « cryptogames » ; CM4, Spermatophytes.
6 TD abordent des notions transversales sur la base d’exercices réalisés à l’oral ou à l’écrit : TD1, Cycles biologiques ; TD2, Endosymbiose ; TD3, Interactions ; TD4, Adaptation ; TD5, Polyploïdie ; TD6, Phylogénie.
6 TP illustrent les notions abordées en CM et TD avec du matériel vivant : TP1, « algues »1 ; TP2, « algues »2 ; TP3, « bryophytes » ; TP4, « ptéridophytes » ; TP5, Gymnospermes, appareil végétatif ; TP6, Gymnospermes, reproduction.
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE prolonge une UE de L2 S3 s’intéressant à décrire les caractéristiques morpho-anatomiques des plans d’organisation majeurs des métazoaires rencontrés dans les faunes actuelles et passées, ainsi qu’à expliquer leur origine et leur dynamique d’apparition à travers l’acquisition de compétences en paléontologie et en zoologie. En S4, celle-ci explorera principalement les subdivisions majeures au sein des organismes protostomiens que sont les lophotrochozoaires (annélides mollusques, brachiopodes,…) et les ecdysozoaires (arthropodes, nématodes,…), tout en soulignant leurs relations phylogénétiques que leurs importances ou impacts socio-économiques. L’UE est classiquement divisée en cours magistraux, travaux dirigés qui viseront principalement à illustrer et étayer des aspects liés à la biodiversité des taxons et en travaux pratiques dans des séances visant à l’acquisition de compétences, notamment et obligatoirement à travers la réalisation de certaines dissections.
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Quantification de l'aléa
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est la continuité naturelle de l’UE “Description de la variabilité” présentée en S3. Elle a pour objectif de fournir les concepts et les méthodes sur lesquels reposent les biostatistiques modernes, à savoir la quantification du hasard, dont l’enjeu est omniprésent dans les sciences du vivant. L’enseignement sera composé d’une première partie consacrée aux propriétés des variables aléatoires continues et au rôle pivot joué par la distribution normale, vers laquelle convergent celles des moyennes arithmétiques. Cette partie sera l’occasion d’aborder la notion de fluctuation, d’intervalle de confiance et d’introduire les lois impliquées dans les tests d’hypothèse courants (Student, χ2, Fisher), qui seront vus au cours de la deuxième partie. Cette dernière constituera une introduction aux statistiques inférentielles : tests paramétriques et non paramétriques, régression linéaire, analyse de variance. Une attention particulière sera apportée aux conditions d’applications de ces méthodes de même qu’aux notions d’erreurs de type I et II, de puissance, de réplication. Chaque notion sera illustrée d'analyses de données biologiques réelles et diversifiées, participant de la culture biostatistique utile pour former l’esprit critique vis-à-vis des résultats scientifiques. Des travaux pratiques sous R permettront, outre une formation à ce langage de référence et aux outils statistiques qui y sont implémentés, de découvrir empiriquement les propriétés qui seront vus en cours (1e partie) et la mise en application des méthodes présentées (2e partie).
Ecologie fonctionnelle
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE d’écologie fonctionnelle vise à apporter des bases solides sur le fonctionnement des écosystèmes terrestres, et en particulier sur le rôle joué par les organismes vivants dans les flux de matière au sein de ceux-ci. Les principaux processus abordés sont la production primaire, les relations de consommation et en particulier d’herbivorie, et le processus de décomposition et de transformation de la matière organique du sol. Pour chacun de ces processus, une attention particulière est portée sur (1) le lien entre les stratégies des organismes et leur fonction dans l’écosystème, et (2) le fait de baser la présentation des concepts sur des constats de terrain, mettant en avant des caractéristiques des organismes ou de l’écosystème auxquelles les étudiants pourraient être confrontés lors de sortie de terrain.
Cette UE s’insère ainsi entre une présentation plus large de l’écologie au S1 (HLBE304) et amène des notions nécessaires à l’UE de L3 d’écologie des communautés.
L’accent est mis sur des aspects pratiques, au travers notamment d’une série de travaux pratiques par groupe, où une hypothèse simple mais scientifiquement pertinente sera testée expérimentalement grâce à un protocole adéquate.
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Matériaux de la Terre
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE a pour objectif d’introduire les concepts et outils permettant d’observer et de décrire les minéraux et les roches magmatiques et métamorphiques et de comprendre leur genèse. Les enseignements débuteront par une introduction aux concepts de la minéralogie (cristallographie, cristallochimie) et aux outils nécessaires pour identifier les minéraux constitutifs des roches magmatiques et métamorphiques. Vous étudierez ensuite la structure et nature du manteau ainsi que les processus mis en jeu depuis la formation des magmas jusqu’à l’éruption des roches magmatiques: processus de fusion partielle, cristallisation, assimilation crustale, mélange magmatique. Vous apprendrez à distinguer les différentes séries magmatiques par leur compositions chimiques et propriétés physiques. Le lien entre les processus éruptifs, aléas et risques volcaniques sera également abordé. Dans une troisième partie, nous introduirons les principales variables (pression, température, temps) et les différents contextes géodynamiques du métamorphisme. Nous verrons les différents faciès métamorphiques, les structures et textures des roches métamorphiques, et vous apprendrez à reconnaître les réactions minérales et à les interpréter en terme d’évolution métamorphique.
L’étude couplée des roches magmatiques et métamorphiques permettra d’avoir les bases pour appréhender les problématiques liées à la géodynamique de la Terre interne, aux cycles géochimiques, aux ressources minérales…
Histoire des végétaux et des environnements naturels
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde l’histoire des végétaux, d’une part de façon diachronique, en étudiant chacune des grandes périodes géologiques (Paléozoïque, Mésozoïque, Cénozoïque), et d’autre part, de manière transversale, en approfondissant certaines méthodes d’étude des paléoenvironnements (macroflores, palynologie, climat, géochimie, biomécanique...).
Après un CM d’introduction, les CM présentent d’une part, l’histoire des végétaux par grande période géologique (CM2-3 : Paléozoïque ; CM4-5 : Mésozoïque ; CM6-8 : Cénozoïque ) et d’autre part, des approches transversales (CM9-10 : Géochimie isotopique ; CM11-12 : Biomécanique).
Les TP illustrent, sur la base de l’étude d’enregistrements fossiles, des exemples de reconstitution paléoenvironnementale : TP1, Macroflore Paléozoïque (Graissessac) ; TP2-3, Macroflore Pléistocène ancien (Bernasso) ; TP4, Pollen Pléistocène récent (La Gourre) ; TP5, Géochimie Holocène.
Ecophysiologie des Organismes Aquatiques
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est de comprendre les mécanismes mis en jeu par les organismes pour faire face aux contraintes de l’environnement aquatique. A partir de modèles animaux (mollusques, crustacés, poissons) et végétaux (macro-et microalgues, angiospermes aquatiques), cette UE traitera les différentes dimensions de la biologie adaptative des organismes, allant des capacités d’acclimatation et d’adaptation aux changements, jusqu’aux limites physiologiques et à l’optimisation des traits phénotypiques en fonctions des contraintes du milieu. Cette UE vise à étudier :
- les grands concepts et approches en écophysiologie ;
- les réponses écophysiologiques (de l’expression d’un gène à la performance d’un organisme et à son comportement) en prenant comme exemples divers écosystèmes aquatiques (intertidaux, estuariens, polaires, cavernicoles et abyssaux) ;
- l’intégration des relations structure-fonction dans un contexte environnemental donné.
Sur le plan pratique, cette UE permettra d’étudier le fonctionnement des organismes par des mesures physiologiques simples et d’apprendre à mettre en place des expérimentations. Des présentations d’articles scientifiques choisit par les enseignants complèteront les connaissances acquis en cours.
Eucaryotes Parasites
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE présente la Biologie des Organismes eucaryotes parasites en prenant en compte leur diversité. On traitera donc aussi bien d’unicellulaires que de vertébrés.
Outre les aspects physiologiques, anatomiques et morphologiques, une grande place sera faite à la description de leurs cycles de vie nécessitant impérativement une phase de transmission à un hôte obligatoire.
Spécialisation naturaliste 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'objectif est de transmettre aux étudiants des connaissances sur la biologie, l’écologie et l’évolution de trois groupes taxonomiques en question. Au-delà de l’identification des espèces (qui sera largement abordée), cette UE traitera de l’évolution et de la systématique du groupe taxonomique en question, de l’écologie fondamentale (écologie évolutive, fonctionnelle), de l’écologie appliquée (conservation), de la physiologie, de la législation ainsi que les méthodes d’étude et d’identification.
Après un cours d’introduction général, 2 axes de travail seront proposés en parallèle. L’un portera sur la flore méditerranéenne, l’autre sur la faune (amphibien-reptiles et oiseaux).
Flore
Le pourtour méditerranéen français regroupe plus des 2/3 de la richesse floristique de France métropolitaine. Cette UE est une initiation à cette exceptionnelle diversité et aux mécanismes sous-jacents. Elle est construite afin de permettre aux étudiants 1. de décrire une plante de façon à dégager les caractères utiles à l’identification et 2. d’utiliser différents outils de détermination et d’en comprendre les forces et les limites. L’enseignement intégrera des approches pédagogiques innovantes, en couplant l’utilisation d’outil traditionnels (flore papier) et numériques (FloreNum, PlantNet), afin de permettre un apprentissage adapté aux connaissances de l’étudiant (du débutant à l’amateur éclairé). L’identification des espèces constituera une base pour étudier leur biologie, leur écologie et aborder les notions d’évolution et de phylogénie. Pour cela, des ateliers seront menées en parallèles des séances de TP : 1. construction d’une classification morphologique à comparer avec les classifications classiques (morphologiques et phylogénétiques), 2. introduction à l’écologie des espèces à travers d’une approche par habitat, et 3. étude diachronique de la biologie du développement par le suivi de croissance d’espèces sauvages plantées en condition contrôlées.
Animaux
L’objectif est pour l’étudiant est d’acquérir/approfondir un ensemble de connaissances sur la biologie des oiseaux, des amphibiens et des reptiles, qui constituent des modèles de choix en écologie fondamentale (éthologie, écologie évolutive, écologie fonctionnelle), écologie appliquée (biologie de la conservation) et éducation à l’environnement / enseignement. Au-delà de l’identification des espèces, cet axe de travail traitera de l’évolution et de la systématique de ces taxa, leur physiologie, leur particularités écologiques et comportementales.
Chaque groupe (Faune - Flore) aura à sa disposition 12 heures de sortie de terrain (dont la moitié sera commune aux deux groupes) à réaliser selon des modalités à définir (4 sorties d’une 1/2 journée, ou 2 sorties longues d’une journée). Les TPs pourront être mis en place sur des sites de l’université (campus de la fac - terrain expérience du Labex CEMEB au CEFE - Jardin Botanique) propices à l’étude des différents organismes.
Notion transversale
L’UE est organisée autour d’une notion commune aux deux groupes de TP qui à travers une classe renversée, permettra de partir des espèces observées pour dégager des concepts centraux en biologie de la conservation. Au S4, ce sera la distribution (chorologie) et la notion de rareté à différentes échelles spatiales qui seront abordées. Ces notions viendront en appui de questions méthodologiques portant notamment sur l’estimation de l’abondance des organismes. Pour cela, les étudiants présentent en fin de séquence un taxon de leur choix, parmi ceux proposés dans l’UE, qui illustre la notion de distribution.
Bases de biologie et de physiologie de la conservation
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de l’UE est de faire le lien entre d’un côté des connaissances de biologie et de physiologie et de l’autre avec la démographie et l’évolution des populations. Cette approche vise à poser les premiers jalons de la biologie de la conservation, en donnant des éléments visant à prédire comment les organismes et populations animales et végétales répondent aux changements des écosystèmes et aux sources de stress.
Formes pédagogiques :
Travaux dirigés sous forme de présentation et discussion de données scientifiques ou sous forme « inversée » avec interventions de petits groupes, projets par groupes en autonomie, analyses de cas concrets de restauration ;
TD1 : présentation de l’UE : concepts, activités, formes pédagogiques. Etablissement du programme des TD inversés
TD2 : L’écophysiologie et la physiologie environnementale (définitions) ; études de cas (espèces invasives, réintroductions, aménagements écologiques)
TD3 : Analyses des conséquences occasionnées par des pollutions majeures (marines et terrestres), ingénierie écologique, outils de biosurveillance passive et active.
TD4 à 16 : Sous forme « inversée » (étudiants en position « active », compléments par l’enseignant), série d’interventions visant à mettre en place
- les liens entre d’une part biologie et stratégie de vie et d’autre part traits d’histoire de vie, en prenant plusieurs exemples caractéristiques (espèces animales, végétales, espèces généralistes/spécialisées, espèces rares – types de rareté – ou répandues voir invasives) ;
- la construction de la démographie d’une population
- les modifications de la démographie d’une population sous l’effet de différentes perturbations, notamment les perturbations à long terme touchant la capacité de la population à évoluer.
Deux séances de TD (3h au total) : analyses de différentes stratégies de conservation et de biosurveillance en prenant en compte des connaissances en physiologie des organismes ainsi que les particularités écologiques et comportementales. Recherche & analyse de documents, synthèse et restitution des études à l’oral / débat
TP : analyses écophysiologiques végétales, analyses écophysiologiques animales avec des approches non invasives (comportement, analyses physiologique et bioénergétiques).
Modélisation du vivant : théorie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de Biochimie
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Santé : Les grands enjeux
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Investigations biologiques
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de Biochimie
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Santé : Les grands enjeux
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Interactions symbiotiques et pathogènes chez les plantes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Investigations biologiques
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Neurobiologie
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Transfert membranaire
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie S3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microbiologie 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement Animal
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie Agro Véto
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Entrainement épreuve écrite de chimie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
PPE
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours permettra de découvrir au cours de présentation des débouchés, de conférences thématiques et de tables rondes les différents métiers des mathématiques.
Pour les étudiantes et étudiants qui bénéficient d'un contrat AED en pré-professionnalisation, l'UE accompagne leur activité dans l'établissement, en apportant quelques éléments destinés à enrichir leur observation et à leur donner du recul. Il s'agit aussi de préparer la rédaction de travail écrit qu'ils devront remettre.
BioInfo
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Préparation oral Sciences et Sociétés
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physiologie des grandes fonctions
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Préparation entretien concours
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Classification et diversité en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie fonctionnelle des Plantes en APP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie générale en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistique et variabilité en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie fonctionnelle des Animaux en APP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Interaction en Biologie en APP
ECTS
14 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques et modélisation en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Evolution en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Pré-professionalisation 2 en Biologie
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologie S5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction aux Nano-biotechnologies
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie Structurale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approches innovantes en ingénierie métabolique
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Réglementation / Législation
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Histoire de la biologie et bioéthique
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ingénierie Moléculaire
Composante
Faculté des Sciences
Biocapteurs et instrumentation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Outils moléculaires dédiés à la détection et au diagnostic
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Virologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Enzymologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Métabolisme Cellulaire Intégré
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de communication et Anglais Scientifique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique fonctionnelle
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie Structurale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Travaux Pratiques de Biochimie
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Cellulaire avancée 2: Concepts clés
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Structurale et quantitative
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Mathématiques pour la biologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie des systèmes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ingénierie Moléculaire
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInformatique appliquée à la biologie des plantes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approches innovantes en ingénierie métabolique
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de communication et Anglais Scientifique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologie S5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique fonctionnelle
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Développement des plantes
ECTS
7 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases de l’agroécologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Après avoir défini l’agriculture intensive et analyser ses risques / bénéfices, ce module permettra aux étudiants de réfléchir sur les différents pistes possibles pour faire évoluer l’agriculture dans une démarche d’agroécologie. Des exemples comme les Biopesticides, l’intensification écologique, la gestion des sols seront développés. Une visite d’entreprise œuvrant pour une agriculture durable est aussi organisée. Le site visité varie d’une année en fonction des souhaits des étudiants et de la disponibilité des entreprises. Exemple de visites effectuées dans le cadre de ce module : Bayer, Vilmorin, Geves, CTIFL, sudExpé…
Licenciales.
Les étudiants seront amenés à présenter un projet ou une création d’entreprise développant des propositions innovantes pour faire évoluer les pratiques culturales, ou tout autre utilisation de produits végétaux afin de réduire l’impact environnemental.
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage vert
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génie génétique végétal
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Autotrophie
ECTS
8 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projets tuteurés S5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Microorganismes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases génétiques de l'évolution
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE est organisé en cinq grands thèmes :
Thème 1 : Cartographie génétique et recombinaison. Notions de biologie moléculaire lié à l’expression des gènes, la réparation de l’ADN et les processus épigénétique.
Thème 2 : Introduction à l’évolution moléculaire : Mesure de l’intensité de la sélection dans la divergence génétique. Horloge moléculaire et variation des taux d’évolution crée par l’action de la selection naturelle. Théorie neutraliste de l’évolution.
Thème 3: Introduction à la génomique : composition et taille des génomes. Importance des éléments répétées. Notion de liaison génétique et d’effet local de la sélection. Influence de la démographie.
Thème 4 : Outils moléculaires pour la biodiversité : Barcoding, eDNA, metabarcoding. Taxonomie moléculaire. Les limites liés à l’hybridation. Les applications en conservation.
Thème 5 : Hérédité extranucléaire. Symbiose, parasitisme et co-evolution (intra-cellulaire : p.ex. Wolbachia). Notion de phénotype étendue.
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif majeur consiste à apprendre les bases de l’anatomie comparée des chordés, de manière à pouvoir les comparer et les classer, avant d’en retracer les étapes-clés de l’histoire évolutive. Les enseignements sont intégratifs en ce sens qu’ils font appel à la fois aux organismes actuels et au registre fossile, de manière à documenter l’histoire évolutive du clade dans son intégralité et sous tous ses aspects. Les approches anatomiques, biomécaniques, phylogénétiques, et écomorphologiques seront abordés en CM afin d’illustrer la diversité et les grandes caractéristiques des chordés. Les TPs (et TDs) permettront d’illustrer l’évolution de la diversité des téguments, du squelette, de la musculature, du système digestif et respiratoire sur de longues échelles de temps.
Modélisation des données biologiques
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est la continuité naturelle de l’UE “ Quantification de l’aléa ” (HAV424B) présentée en S4. Elle doit fournir les concepts de la construction de protocoles expérimentaux qui répondent à des questions biologiques et d’y associer des modèles appropriés de l’analyse de la variabilité. Une première partie sera consacrée à la construction de protocoles expérimentaux qui permettent de répondre à une multitude de questions dans les sciences du vivant, c’est-à-dire en prenant en compte l’inévitable dépendance des individus statistiques, telle l’apparentement, la structure spatiale ou temporelle des populations. Cette partie sera ainsi l’occasion d’aborder la notion de fluctuation, de réplication et pseudo-réplication, qui seront pris en compte dans les modèles construits dans la deuxième partie du cours. Cette deuxième partie s’appliquera à montrer le lien entre le protocole expérimental réalisé et la modélisation de la variabilité d’une variable réponse quantitative, via la construction de modèles incluant plusieurs variables qualitatives ou quantitatives. Une attention particulière sera portée aux conditions d’applications de ces méthodes, aux erreurs de type I et II, aux méthodes d’estimation des paramètres des modèles construits (incluant la vraisemblance) et à l’interprétation des paramètres estimés. Chaque notion sera illustrée par l'analyse de données biologiques réelles provenant de plusieurs thématiques, aidant ainsi les étudiants à découvrir non seulement les questions biologiques modernes et courantes mais également les outils développés pour y répondre. Des travaux pratiques sous R permettront de pouvoir réaliser en autonomie des analyses sur des cas biologiques publiés.
Ecologie évolutive
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE prolonge l'UE Base de l'évolution pour introduire les principaux concepts en écologie évolutive afin de comprendre et formaliser de façon simple les mécanismes évolutifs et écologiques qui façonnent la biodiversité à différentes échelles d'intégration.
Cette UE est conçue comme un ensemble cohérent où cours, TD et TP sont complémentaires. Les notions sont abordées par l’exemple puis formalisées à l’aide de modèles mathématiques, lesquels sont confrontés à l’expérience et à des données réelles.
Elle traitera de dynamique des populations (compétition intra- et interspécifique), de niche écologique et détaillera les mécanismes de l'évolution et leurs conséquences génétiques à l'échelle des populations: sélection naturelle (dont sélection sexuelle), influence des régimes de reproduction, dérive génétique. Les TD permettront aux étudiants de s'approprier la formalisation mathématique de notions vues en cours et leur modélisation informatique simple ainsi que des analyses de jeux de données. Les TP permettront la réalisation et l'analyse en groupes restreints de 2 expériences d'1 mois chacune (avec rédaction d'un rapport et présentation à l'oral) afin de développer la méthodologie et le raisonnement scientifique.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Géologie des bassins sédimentaires
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Genèse, nature et devenir des dépôts dans les bassins sédimentaires.
Cycle de 15 cours / conférences/ débat et TP/TD
Contenu des Cours / TP / TD intégrés, (les bassins sédimentaires, l'altération des continents,
le transport du sédiment, les environnements détritiques et carbonatés, les facteurs qui agissent sur la sédimentation : Stratigraphie séquentielle, la diagenèse)
Organisation, développement et diversité des Spermatophytes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE vise à offrir aux étudiants une approche intégrative de la morphologie, de l’anatomie et du développement des appareils végétatif et reproducteur des Spermatophytes, en se plaçant dans une perspective écologique, fonctionnelle et évolutive. Cette approche est mise en œuvre par les étudiants au travers d’un projet encadré, centré sur l’étude d’une plante modèle, avec prise en compte de la variabilité interindividuelle, des différents stades de développement, des conditions stationnelles et du type biologique.
Spécialisation naturaliste 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La structure de cet enseignement est similaire à celle développée au S4. L'objectif est de transmettre aux étudiants des connaissances sur la biologie, l’écologie et l’évolution de trois groupes taxonomiques en question. Au-delà de l’identification des espèces (qui sera largement abordée), cette UE traitera de l’évolution et de la systématique du groupe taxonomique en question, de l’écologie fondamentale (écologie évolutive, fonctionnelle), de l’écologie appliquée (conservation), de la physiologie, de la législation ainsi que les méthodes d’étude et d’identification.
Après un cours d’introduction général, 2 axes de travail seront proposés en parallèle. L’un portera sur les cryptogames (algues, lichens, mousses et champignons), l’autre sur la faune (Chiroptères & Arthropodes).
Cryptogames
Ce volet a pour objectif de familiariser les étudiants avec les organismes extrêmement diversifiés que sont les bryophytes, phaeophytes et mycètes. Le principe est 1) d’approcher par une démarche naturaliste ces diversités peu connues, 2) de placer ces observations dans une perspective évolutive (aspects phylogénétiques), et 3) de lier les observations au rôle de ces organismes dans les écosystèmes terrestres et marins.
Le module abordera enfin des aspects de la vie quotidienne, économique ou citoyenne liés aux espèces (toxicologie, alimentation, médecine).
Faune
L’objectif est pour l’étudiant est d’acquérir/approfondir un ensemble de connaissances sur la biologie des arthropodes, et des chiroptères, qui constituent des groupes taxonomiques avec un grand engouement, autant d’un point de vue de des études en écologie fondamentale (éthologie, écologie évolutive, écologie fonctionnelle), en écologie appliquée (biologie de la conservation) et en éducation à l’environnement / enseignement. Au-delà de l’identification des espèces, cet axe de travail traitera de l’évolution et de la systématique de ces taxa, leur physiologie, leurs particularités écologiques et comportementales, leurs rôles dans les écosystèmes. L’enseignement intégrera des approches pédagogiques innovantes, en couplant l’utilisation d’outil traditionnels (reconnaissance visuelle) et modernes (identification acoustique par logiciel). Parmi les Arthropodes, les groupes particulièrement abordés seront les Coléoptères, les Lépidoptères, les Odonates et les Orthoptères qui représentent des ordres très diversifiés qui nous permettront au mieux d’aborder la notion d’espèce qui est centrale en biologie. L’identification des espèces constituera une base pour étudier leur biologie, leur écologie et aborder les notions d’évolution et de phylogénie.
Chaque groupe (Faune - Cryptogames) aura à sa disposition 12 heures de sortie de terrain (dont la moitié sera commune aux deux groupes) à réaliser selon des modalités à définir (4 sorties d’une 1/2 journée, ou 2 sorties longues d’une journée). Les TPs pourront être mis en place sur des sites de l’université (campus de la fac - terrain expérience du Labex CEMEB au CEFE - Jardin Botanique) propices à l’étude des différents organismes.
Notion transversale
L’UE est organisée autour d’une notion commune aux deux groupes de TP qui à travers une classe renversée, permettra de partir des espèces observées pour dégager des concepts centraux en biologie de la conservation. Au S5, ce sera la notion d’espèce (et des entités associées telle que les sous-espèces, hybrides, etc.) qui sera largement abordée, d’un point de vue théorique et pratique. Cette notion permettra d’aborder 1. les fondements et limites des différentes perspectives de l’espèce (morphologique, génétique, écologique), 2. les problèmes méthodologiques liés à l’identification des taxons sur le terrain et en laboratoire et 3. les problématiques que cela engendre du point de vue de la conservation des espèces. Pour cela, les étudiants présentent en fin de séquence un taxon, parmi ceux proposés dans l’UE, dont la détermination s’avère complexe.
Biologie du comportement animal
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen, depuis son ontogenèse à son évolution: : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés.
Ecotoxicologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’écotoxicologie concerne l'étude des effets des polluants sur les espèces vivantes ainsi que sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Cette UE vise à mieux connaitre :
- les principaux types de polluants organiques et minéraux (historiques ou émergents), ainsi que leurs sources et les facteurs influençant leur devenir dans le milieu naturel et dans les organismes,
- les effets des polluants sur les micro- et macro-organismes à différents niveaux d’intégrations biologiques (molécule, individu, communautés),
- les méthodes d’évaluation des effets biologiques, de la qualité environnementale et du risque écotoxicologique dans le cadre réglementaire européen actuel,
- les procédés de bioremédiation à travers plusieurs études de cas.
Physiologie animale comparée des systèmes intégrés
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE proposée en L3S5 est l’acquisition de connaissances sur l’organisation, le développement et le fonctionnement de différents systèmes physiologiques chez les animaux. Plus spécifiquement, les fonctions de circulation, de thermorégulation, de régulation hormonale et d’intégration nerveuse seront abordées selon une approche comparative (exemples puisés chez différents groupes taxonomiques) et dans un contexte évolutif. Les questionnements en relation avec les aspects bioéthiques de l’expérimentation en physiologie animale seront également abordés.
Assemblages d'espèces du local au global
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les étudiants de licence générale de l’Université suivent différents enseignements d’introduction à l’écologie durant leurs deux premières années d’étude. Arrivés en L3, ils abordent plusieurs concepts fondamentaux d’adaptations des individus à l’environnement, et d’interactions entre espèces (Concepts en écologie évolutive HLBE503). En particulier, ils explorent les stratégies évolutives r/K, mettant en lien l’adaptation des cycles de vie aux régimes des perturbations des milieux naturels. Je propose d’inscrire l’étude des communautés en continuité de ces bases, afin d’illustrer le rôle des stratégies évolutives des espèces dans la formation des communautés. Cet enseignement reposera sur une séquence pédagogique composée de cours magistraux, de travaux dirigés et de travaux pratiques réalisés sous forme de projets de terrain.
Les cours magistraux présenteront à travers trois blocs les bases de l’écologie des communautés. Le premier concernera la définition d’une communauté, et abordera l’historique du développement de la discipline, à travers les perspectives de Gleason (1926) et Clements (1916). Le second bloc introduira les éléments de description des communautés, avec les notions de diversités (alpha, beta, gamma) et leurs différents indices. Enfin, un troisième bloc permettra d’amener les étudiants à réfléchir aux règles d’assemblages dans les communautés, à travers le rôle des stratégies évolutives r/K dans les successions, les notions de filtre environnemental et de limitation de similarité fonctionnelle.
Ces cours s’inscriront en parallèle d’une séquence de travaux dirigés qui sera organisée selon un schéma « production de données-analyse-interprétation ». Dans un premier temps, l’utilisation de jeu sérieux (serious game) permettra de produire des données en se basant sur des mécanismes écologiques simplifiés. Pour cela, plusieurs jeux sérieux permettant de simuler des communautés sont actuellement en développement. Ces données seront rassemblées par les étudiants, pour préparer leur analyse. Celle-ci se déroulera sous la forme d’un atelier de travail sur ordinateur (format workshop) afin de permettre aux étudiants de se familiariser avec les calculs d’indices de diversité. Enfin, un temps sera accordé à un retour vers la bibliographie afin de chercher si les patrons produits à travers la séquence ont une réalité biologique, et s’ils ont été observés dans la nature (travail autonome et rapport).
Une fois la séquence de TD passée, les étudiants démarreront la mise en place d’expériences d’écologie des communautés in situ grâce à une initiation à l’écologie de terrain, sous la forme de projets autonomes. Au sein de ce TP, un atelier permettant de tester les stratégies compétitive (C), tolérante au stress (S) et rudérale (R) de Grime (1988) à travers l’analyse des traits fonctionnels des plantes. Des méthodes simples ont été publiées récemment et permettent de placer des individus (a fortiori des communautés) sur le triangle de Grime (Pierce et al., 2017). La séquence commencera par une sortie terrain sur le campus : les étudiants choisiront deux milieux contrastés (pelouses, zone rudérale, bois, ancien mur) sur lesquels ils réaliseront un inventaire floristique. À la suite de celui-ci ils prélèveront plusieurs individus de chaque espèce, qu’ils rapporteront au laboratoire, afin d’en mesurer différents traits fonctionnels. Une fois les mesures faites, ils pourront calculer les différents indices liés à la stratégie CSR. La séquence se conclura par la rédaction d’un rapport et une présentation orale. D’autres ateliers sont en cours de développement.
Diversite´ et phyloge´nie des Angiospermes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE a pour objectif de proposer un panorama de la diversité des Angiospermes, approchée à la fois au travers du prisme des phylogénies les plus récentes proposées par l’Angiosperm Phylogeny Group (APG). Cette trame phylogénétique sera étayée tout au long de l’UE par l’observation concrète des caractères végétatifs et floraux d’une sélection de taxons répartis sur l’ensemble de la phylogénie, de façon à dégager les synapomorphies des principaux clades, les éventuelles homoplasies, ainsi que les adaptations (biologie florale, pollinisation, interactions trophiques, etc.)
Les étudiants appréhendent également la diversité des Angiospermes sous l’angle floristique, par la réalisation d’un herbier d’espèces en général méditerranéennes. Ils se familiarisent à cette occasion avec l’utilisation d’une flore et des outils numériques d’aide à la détermination (Pl@ntNet e-Flore de Tela Botanica, etc.).
Ecologie évolutive et ses applications
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A travers 5 grands thèmes, nous ferons le lien entre les principes de l'évolution et de l'écologie évolutive vus dans les U.E. précédentes d'une manière fondamentale et des applications sociétales actuelles.
Ces 5 grands thèmes sont: l'évolution humaine, la conservation de la biodiversité, la domestication des espèces animales et végétales, la médecine évolutive, les grandes crises et perturbations planétaires.
Evolutionary Ecology and its applications
ECTS
1 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A travers 5 grands thèmes, nous ferons le lien entre les principes de l'évolution et de l'écologie évolutive vus dans les U.E. précédentes d'une manière fondamentale et des applications sociétales actuelles.
Ces 5 grands thèmes sont: l'évolution humaine, la conservation de la biodiversité, la domestication des espèces animales et végétales, la médecine évolutive, les grandes crises et perturbations planétaires
Deux séances sur la compréhension et la restitution orale d'articles scientifiques sont effectuées en liaison avec l'UE " Ecologie évolutive et ses applications".
Projets tuteurés S6
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Pour le semestre 6, les étudiants auront le choix entre 2 types de projets étudiants : (1) la mise en place d’un dispositif « Partenaires scientifiques pour la classe » (ASTEP) ou (2) le montage d’un protocole pour Acquisition et Traitement de Données (ATD). Pour le projet ASTEP, les étudiants réaliseront un projet de diffusion scientifique auprès de classe de maternelle ou de primaire de l’Hérault (thématiques scientifiques définies par les écoles partenaires). Les étudiants devront alors développer une ou des expériences à mener avec les classes, acquérir des données avec les élèves et diffuser les notions scientifiques auprès des élèves concernés. Pour le projet ATD, les étudiants devront proposer un protocole d’acquisition de données pour répondre à une question scientifique de leur choix. Ce protocole pourra être réalisé sur le terrain, en salle ou bien consister en une méta-analyse.
CHOIX1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Méthodes de terrain en écologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE correspondra en une mise en situation à laquelle les étudiants devront répondre. L’équipe pédagogique de l’UE représentera les directions de bureaux d’études qui sont chargés de réaliser des études d’impacts à la suite d’un projet d’aménagement.
Les étudiants joueront les rôles des experts des bureaux d’étude et devront mener à bien des analyses sur la zone du projet. Ils devront fournir un rapport de leur étude d’impact dans lequel ils auront identifié les enjeux écologiques qu’ils auront classés selon leur importance. Ils devront aussi venir présenter leur études à l’oral.
L’UE s’articulera autour de 6 séances de TD de 2h en début du semestre au cours desquelles les points suivants seront abordés :
TD1 : Présentation de l’UE, présentation de ce qu’est une étude d’impact et des attendus d’une telle étude (cette partie sera effectuée par un ou une professionnelle dont le métier est justement de vérifier les études d’impact), présentation des statuts des zones étudiés : ZNIEFF, Natura 2000.
TD2 à 6 : Présentation des méthodes d’analyse pour différents groupes d’organismes (végétaux, arthropodes, herpétofaunes, avifaune et chiroptères, faune du sol…).
Pour la reste de l’UE, les étudiants devront proposer des protocoles d’études permettant d’estimer les impacts que pourrait avoir le projet envisagé. Les protocoles mis en place devront permettre d’évaluer au plus près les impacts et les études devront budgétiser leurs interventions. Ils disposeront ensuite de séances sur le terrain pour mettre en place leur protocole, récupérer des données pour ensuite les analyser. L’équipe pédagogique tutorera les groupes afin de les aiguiller dans leur travail. Ils rédigeront un mémoire à partir d’un cahier des charges qui aura été fourni par l’équipe pédagogique. Ce livrable devra être appuyer par des données de terrain et des données issues de la bibliographie. Ils viendront défendre leur dossier devant l’équipe pédagogique lors d’un oral.
Plusieurs zones d’étude pour réaliser le travail ont été ciblés dans Montpellier : Campus du Triolet, Fleuve Mosson, Parc de la Vallet, Centre de Montpellier, Parc Méric, Rives du Lez, Garrigues de la Lauze…
Conservation de la biodiversité : éthiques, menaces, restauration
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une première approche des Sciences de la conservation selon les points de vue des différents acteurs :
- approche scientifique : approche fondamentale et pratique de la conservation et de la restauration des populations et des communautés
- approche sociétale : rôle du scientifique dans la gestion des espèces et des milieux écologiques, et interactions avec les autres acteurs de la conservation (gestionnaires, acteurs locaux)
- approche éthique : réflexion sur les valeurs de la biodiversité (quantifiables, préférentielles, normatives) et leurs applications selon différents modèles, replacés dans un contexte historique (principalement les services écosystémiques et le développement durable)
Mode´lisation du vivant : applications
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE d’ouverture capitalisera sur les outils mathématiques rencontrés tout au cours de la licence et particulièrement au cours de l’UE Modélisation du vivant : théorie (option du S4), afin d'opérer un tour d'horizon des différentes approches et techniques de modélisation du vivant. Toutes les grandes familles de modèles mathématiques seront abordées : statiques (problèmes d'optimisation, théorie des jeux) comme dynamiques (extensions des systèmes vus en S4, introduction aux processus stochastiques). Les exemples d'applications de ces modèles seront diversifiés, balayant de nombreux systèmes biologiques ainsi que les différents niveaux d'organisation (modèles métaboliques, épidémiologiques, de méta-communautés...). Une attention particulière sera accordée aux aspect épistémologiques (apports de la modélisation à la construction des théories en sciences du vivant) et pratiques (identifiabilité, calibration, et sensibilité paramétriques d'une part, implémentation numérique/simulations d'autre part). Elle sera enfin l’occasion pour les étudiants de se familiariser avec les thématiques de recherche comportant de la modélisation, développées dans le bassin montpelliérain.
Projet naturaliste professionnalisant
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se structure selon une approche de type inventaire professionnel au cours duquel les étudiants seront mis en situation réelle pour mettre en valeur leur compétences naturalistes. Celle-ci consistera en une étude de terrain, avec principalement du volume d'encadrement terrain à travers des SPS pour le suivi projet. En cela, elle s'inscrit dans la logique de l’ex-CMI (Opus 4).
Huit groupes de 5 étudiants travailleront à l’inventaire d’un taxon spécifique dans le cadre d’une problématique scientifique clairement identifiée. La zone d’étude sera différente d’une année sur l’autre, et sera choisie par l'équipe pédagogique en fonction des opportunités de collaboration avec des organismes intéressés par la démarche proposée. Les organismes pressentis sont :
- le Conservatoire des Espaces Naturels de Languedoc Roussillon
- le Zoo du Lunaret, gestionnaire de la réserve du Lez
- la métropole de Montpellier
La restitution consistera en un livrable commun à toute la classe, incluant une hiérarchisation des enjeux de conservation. Les organismes gestionnaires des zones étudiées seront conviés aux restitutions.
Paléoécologie et biostratigraphie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette UE est d'acquérir, renforcer et synthétiser des notions et des connaissances en paléontologie évolutive, en sédimentologie et en paléoécologie, pour les appliquer au monde fossile. Mises en commun, ces notions fournissent les clés pour inférer le contexte stratigraphique et les environnements passés dans lesquels vivaient les organismes éteints.